但我一天工资才200元，这公平吗？

公司罚款1000元不公平，因为企业无罚款权。依据《劳动法》等，公司只能依据规章制度降低工资，不能罚款。不及时处理可能导致员工权益受损，劳动关系紧张。
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常见处理方式为与公司协商或申请劳动仲裁。建议先与公司沟通，若无法达成一致，再考虑劳动仲裁。选择时需考虑效率与成本，以及个人与公司关系的维护。
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公司罚款不公。应对如下：1.与公司沟通，表达罚款不合理，要求按规章制度处理。2.若沟通无果，收集证据，如罚款通知、工资单等。3.向劳动仲裁机构申请仲裁，维护自身权益。4.必要时，可寻求法律援助或起诉至法院。